研究小组在一些意想不到的地方发现了新的冠状病毒种类
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一位前 UBC 博士后研究员带领一个国际研究团队重新分析了所有公共RNA测序数据，发现的 RNA 病毒数量几乎是以前已知的十倍，其中包括在一些意想不到的地方发现了几种新的冠状病毒。
这个全球规模的 RNA 病毒数据库有助于为快速识别溢出到人类的病毒以及影响牲畜、农作物和濒危物种的病毒铺平道路。
Artem Babaian 博士（他/他）是 Serratus 项目合作的幕后推手。它上周在著名的科学杂志《自然》上发表了这项研究的惊人结果。
Babaian 说，通过与 UBC 和 Amazon Web Services 之间的公共/私人合作云创新中心合作，Serratus 项目能够在 AWS 上构建一个“非常强大”的超级计算机，其功率相当于 22,500 个 CPU。
这台超级计算机从全球 570 万个生物样本中读取了 2000 万千兆字节的公开可用基因序列数据，寻找表明存在 RNA 病毒的特定基因。13 年来，这些样本已被收集并在世界研究界免费共享，包括从冰芯样本到动物粪便的所有内容。
世界测序数据图。来源：Serratus 项目
Serratus 项目的研究人员发现了 132,000 种 RNA 病毒（以前只知道 15,000 种）和 9 种新的冠状病毒。Babaian 估计，如果没有 CIC 和 AWS 云，传统的超级计算机将需要一年多的时间和数十万美元才能执行该分析所需的 2000 年 CPU 时间。Serratus 在 11 天内以 24,000 美元完成了这项工作。
“我们正在进入一个了解自然界中病毒的遗传和空间多样性以及多种动物如何与这些病毒相互作用的新时代。希望如果像SARS-CoV-2（导致COVID-19的新型冠状病毒）再次出现，我们不会措手不及。可以更容易地识别这些病毒，并且可以更快地找到它们的天然宿主。真正的目标是尽早发现这些感染，以至于它们永远不会成为流行病，”拥有 UBC 医学遗传学博士学位、现在是剑桥大学班廷研究员的 Babaian 说。
“如果患者出现不明原因的发烧，一旦对该血液进行测序，您现在可以将人体中的未知病毒连接到更大的现有病毒数据库。例如，如果患者在圣路易斯出现不明来源的病毒感染，您现在可以在大约两分钟内搜索数据库，并将该病毒与 2012 年在撒哈拉以南非洲取样的骆驼联系起来。”
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当 COVID-19 大流行来袭时，32 岁的 Babaian 一直在用 BC Cancer 对癌症进行基因研究，他改变了方向。
低调的 Babaian 说，这项工作始于 2020 年 3 月 3 日，当时他和他的攀登伙伴朋友、UBC 工程系学生 Jeff Taylor 勾勒出“在餐巾纸背面”的想法，巴巴安说。
“我应该保留那张餐巾纸，”他指出。
不久之后，Babaian 向 UBC 的云创新中心寻求帮助。塞拉图斯以不列颠哥伦比亚省坦塔罗斯山脉的塞拉图斯山命名，他和泰勒在 2020 年的一次攀登中看到了该山，因此诞生了。
Babaian 回忆说，当第一个结果开始在他的笔记本电脑上闪现时，他正坐在妻子的护理椅上，这表明 Serratus 不仅在工作，而且以几乎难以理解的速度生成数据。
“这可能是我一生中最激动人心的科学时期，”他说。“有两种乐趣。类型 1 是微笑和有趣的。类型 2 是当你在做这件事时很痛苦，但记忆却在发光，就像攀岩一样。在许多方面，Serratus 都是第 2 类乐趣。你只需要相信它会成功。”
Babaian 说，如果没有 UBC 云创新中心的支持，他将无法完成这项工作。
“云创新中心真的在那里为我们打开了大门，”他说。“我们有一个想法，他们从他们的网络中聘请了专家来实现它。现在，全球社会可以从所有这些以前未开发的研究中受益。”
“Artem 以创新的愿景与我们联系。云创新中心的强大之处在于，我们将 UBC 的内部创新和技术团队与亚马逊网络服务的团队配对，”UBC 云创新中心主任 Marianne Schroeder 说。“支持实现这一愿景是我们的荣幸；帮助找到解决复杂问题的技术解决方案是我们的工作。”
该中心于 2020 年 1 月在大流行之前启动，支持以社区健康和福祉为重点的挑战。迄今为止，该团队已经发布了 20 多个项目，包括所有可用的开源参考架构和部署指南。
“虽然我们所知道的公共云已经存在了 15 年，但亚马逊网络服务过去几年的创新确实使基因组学研究以一种新的方式成为可能，”亚马逊网络中心负责人 Coral Kennett 说服务。“我们能够让 Artem 访问几美分的计算能力进行查询。我们强烈鼓励研究社区将他们的项目和想法提交给云创新中心，以便让更多的创新能够让社区受益。”